明朝中期之前的2000年间，芦墟遭受的战乱不多，或规模不大，史料记载亦鲜见。吴越争战后，重大的战乱是金兵南侵。南宋建炎四年(1130年)二月，金兀术骑兵“犯吴江，(宋将)巨师古不战而溃”。不久，“韩世忠(率军)复扼之(吴淞)江上。金人自是不复南顾矣”。(乾隆《吴江县志》)如前所述，韩世忠军队在芦墟留下了较多的遗迹和实物，但未见韩军抗金的详细记述。
元朝末期的至正二十六年(1366年)，“明师东下”。明大将徐达兵临吴江城。陈思(城司)村乡勇首领王思忠劝谕吴江州知事杨彝归降明军。改朝换代，兵不血刃。分湖巡检仍是拜住，且受重用。
从元末明初开始，日本的封建诸侯组织部分武士、浪人、奸商，趁中国海防空虚，勾结土豪，海盗，经常在中国沿海进行武装掠夺。史称“倭寇”。明朝中期，倭寇严重侵掠骚扰江浙沿海，以至安徽地区。明嘉靖三十三年(1554年)五月初二、初九、十三日，倭寇骚扰芦墟东部地区。六月，倭寇由吴江经芦墟去嘉善、松江。六月十五日，一股倭寇“又至分湖掠叶可成家(叶任南京工部主事)一鹿，及伤人一臂而去，遂掠周庄”。(明嘉靖《吴江县志》)。嘉靖三十五年，倭寇长期屯兵斜塘(即西塘)，抢掠四方。五月初八，倭寇从斜塘经芦墟去吴江、苏州，被吴江水师击退。
自明朝末期始，芦墟地界受战乱渐多。清初，吴易、周瑞等义军的抗清，赵田(新南)袁世履、徐弘基的抗清。清咸丰末年至同治初年，太平军占领芦墟近3年。民国时期，江浙军阀混战，北伐战争，都波及芦墟。数十人，百多人的武装土匪几次洗劫芦墟镇，抢夺、杀人、绑票。日军侵华期间，芦墟地区战火连连，日军肆意杀人放火，人民惨遭劫难。
解放前夕，县境内国民党军队未作抵抗；县保安队亦早已散去；芦墟及邻近乡镇的自卫队都被中共地下党控制。因此解放军到达时，未发生战斗。
解放后，仅在剿匪肃特时，公安战士和武装匪徒在分湖里发生枪战。
第一节 明末清初的战乱
清顺治二年(1645年)，清兵进军江南。所到之处收缴民间兵器，严令剃发，“留发不留头”，遭到江南各阶层人士的激烈反抗。芦墟地区义士民众的抗清事迹尤为壮烈。史籍有载，口碑传颂至今。
一、义兵抗清
明弘光元年(1645年)五月，吴江进士吴易(字日生)、举人孙兆奎等起兵抗清，倾家产造战船，招募义军，扎营于松陵滨湖一带，称“孙吴军”。从首领到士兵都用白布裹头，又称“白头军”。六月，白头军曾两次占领吴江县城；闰六月，白头军曾在八坼大运河上伏击清将福贝勒部。八月二十一日，清苏州巡抚土国宝派兵袭击在白龙桥一带的吴易义军。白头军伤亡惨重，吴易只身脱险。
当时，芦墟分湖、三白荡也活跃着一支义军，首领是当地人周瑞(又名周添，字曼青)、张贵、陈打生。“三人膂力过人，善用炮”，周瑞又有智谋(乾隆《吴江县志》卷五十八)。他们与嘉善县蒋广德的700余名义军联络呼应，杀清兵800人。吴易兵败，周瑞迎吴易入营，尊为首领。他们在芦墟、黎里一带蓄集力量，等待机会。
顺治三年(1646年)正月十五日，吴易、周瑞趁吴江城内闹灯会之机，率兵第三次占领吴江城。三月二十三日，吴易、周瑞在分湖摆开战场，迎战土国宝派来的清军总兵汪茂功。三月二十六日，汪茂功率舰刚进分湖就遭到分湖义军猛烈攻击。清军逃至梅墩，又遭周瑞义军夹击，2000余人几乎全军覆没，汪茂功带余部狼狈逃到庞山湖。白头军将汪追杀在湖心。清军仅二三十人逃遁。
分湖大捷后，吴易、周瑞广泛联络嘉善、青浦等县的义军，共同抗清。五月二十七日，周瑞到西塘会晤义军，写信给清嘉善知县刘肃之，劝其反清。刘假意应允。六月初九日，周瑞、吴易应刘肃之的约定，到嘉善东关外义军首领孙璋家。不料刘肃之的伏兵齐出。孙璋父子死于河中，吴易、周瑞和嘉善义军倪抚、陈槐等被捕。清浙江总督张存仁百般劝诱。吴易、周瑞不为所动，八月，吴易、周瑞等就义于杭州草桥门。
为报此阴谋诱捕之仇，六月二十三月，分湖白头军和嘉善义军联合进攻嘉善县城，杀清军守备王仪。后来白头军抗清斗争坚持18年之久。
二、赵田兵灾
明朝开国大将徐达的裔孙魏国公徐弘基在弘光元年清兵南渡时避居芦墟赵田袁世履家。徐、袁等人“树帜招军”，以图“匡复(明)王室”。当地豪强陆醇儒兄弟与之作梗。陆氏联络吴淞总兵黄蜚的部将田胜嘉。田胜嘉率兵300人偷袭赵田村。袁、徐失败，族人多被“杀而投之湖、井”，“湖郡绅士避迹于袁者，悉被难”，徐氏父子亦被鸟枪、乱箭射杀。田、陆抄没袁家的资财，装了两大船去。
三、巡抚土国宝在芦墟
为镇压吴江、嘉善、青浦三县交界地区的抗清义军，清苏州巡抚土国宝曾带兵驻扎芦墟泗洲寺。芦墟布衣李枝芳曾是长洲县戴之俊义军的首领之一。顺治四年(1647年)初，杨廷枢、戴之俊、李枝芳等策反苏淞提督吴胜兆，事泄，先后被捕。四月，李枝芳被杀于芦墟集市上。五月二日，土国宝杀杨廷枢于泗洲寺桥东北堍。土国宝说：“芦墟尽为盗薮(义军)”，“欲尽剿灭”。芦墟人赵鸢立“性耿介，不避豪贵”，明末时被推举为“约正”(地方上的监察)。他当面责问土国宝：聚义者都是老百姓，“若尽剿之，而民何辜乎？”
第二节 太平军在芦墟
清咸丰十年四月中、下旬(1860年6月上中旬)，太平军接连攻克苏州、吴江，经平望到达嘉兴；五月，又占领同里、黎里等地。在这之前的二月下旬，清朝吴江知县田人熙两次发“谕帖”给各地乡绅，要求组织团练抵抗太平军。当太平军到来时，田某和分湖巡检王先鑅抢先逃亡上海。此时，土匪枪船迅速蜂起。
芦墟镇上的士绅权衡利害，派代表到嘉兴去晋谒太平军朗天安陈炳文(朗天安是第二等封爵称谓。两年后，陈晋封为听王)，请太平军进驻芦墟。
一、建立乡官局
七至九月，太平军由平望和黎里来芦墟，各处张贴忠王李秀成《劝谕苏郡四乡百姓举官造册谕》，往返联络百姓和士绅，筹建乡官局。八月十一日(天历八月十五日，公历9月24日)“点董事(乡官)九人”。乡官局是太平天国的地方政权机关。按住户的多少，依次设伍长、两司马、卒长(管100户)、旅帅(管500户)、师帅、军帅。芦墟的活跃人士陈松乔、黄老庆、吴生江、梅谦斋、姚莲舫、郁小轩、沈杏春、吴晓芹、徐海门、汪益亭，还有胜溪村的柳羹梅，周庄的蒋积甫、金小春等，在乡官局里担任职务。随后，太平军常驻芦墟泗洲寺和南栅城隍庙等处。十月十四日(天历十月十七日，公历11月26日)，首领钟良玉由黎里来芦墟，坐城隍庙佛像轿子，士兵前呼后拥，吹鼓兴贺，排仗游行。
乡官局首先查核户口，编造户口清册。每户发给门牌1块，征收门牌捐“每张五百(文)”。太平军和乡官局告示百姓：商店要缴店捐，新开张的要领店凭，经凭经商；船户领船凭，水陆要道设卡收税；为收购火药，开征“红粉捐”；要求理发、铁工、竹木匠等适应军事所需，随时听候调遣；居民皆留发。
二、减租和征粮
太平军对田租和粮赋的征收作出详细规定，并随形势修改。首先，要求田户在十一月十一日至二十一日(天历十一月十三日至二十三日，公历12月22日至1861年元旦)到乡官局申报田亩数，报灾注册，不得瞒报和谎报，每亩缴纳“田凭费”十文。乡官局于十一月二十二日发给田主“田凭”和允许收租的“旗”。有了旗和执照、田主才能向佃户收租。规定田租、粮赋(土地税)都减轻，为原先的半数不到。“租收四斗半”，田主向乡官局缴纳“粮米每亩三百文”，约合6升，规定在十二月十五日(天历十二月十六日，公历1月25日)前缴清粮赋。
后来由于不少田主瞒报田亩、谎报灾情。乡官局于第二年(咸丰十一年)三月十六日(天历辛酉十一年三月十五日，1861年4月25日)通告田主重报田亩数和佃户花名册，且不准注灾；春熟粮赋、田租每亩270文由乡官局派人直接向佃户收取。田主再持田凭和旗到乡官局领取一定的租米。旗、凭一熟一领，各熟间不能通用。十月十一日(天历十月三日，公历11月13日)又规定：粮赋每亩1斗4升，荒田可以减让1成；田租按告示规定的收；设立三处“租粮公收局”，“要镇上各家统办，不得私自下乡收取”。田主不在的，由佃户代为“完粮”，不再缴租。太平军在芦墟实施的减租、轻赋政策，打击了地主，减轻了农民的负担，有利于太平军的活动。
三、建立保卫局
为了巩固政权、维护地方社会治安，太平军设立了保卫局。保卫局主要由太平军组成。姚天燕(“天燕”是太平军官员第四等封爵的称谓)、陆春山、徐苹山、黄大叔、吉老、玉老等人分别在保卫局中任职。
当时，芦墟以东不远处仍在清王朝的控制下，上海县更是英、法等国侵略军的地盘，清朝江南地区的一些官僚、败将、地主豪绅聚集在上海。芦墟是太平军的前哨阵地，时常遭到清军、团练和土匪“枪船”的袭击和威胁。
枪船本是水网地区游民猎鸟小船，“首尾尖锐，形如蚱蜢，四桨双橹，旋转灵便，行水面若飞，不畏风浪。名蚱蜢船，又名枪船，因舵后有木枪作标识也。”驾驶枪船打家劫舍、横行一方的叫枪匪。他们“备西洋诸火器，每船五六人，或七八人。选勇健善泅者操船，号曰‘老大'……吏不敢捕”。一些原先从事贩运的安徽巢湖船民，趁战乱，也成了枪匪，人称“巢湖帮”。二十八都南町村(在周庄南)费秀元、费金绶父子盘踞周庄，拥有成百艘枪船；盛泽孙金彪势力也相仿。芦墟地区称“某老大”的小股枪匪特别多。
太平军对待地方武装势力先是“招抚”。顺从太平军的，既往不咎；由保卫局控制。这些反动武装往往本性难改；暗中勾结清军，或是在地方上横行勒索。咸丰十一年三月初九(天历辛酉十一年三月八日，公历1861年4月18日)早晨：“董老标率枪船”30多只，到芦墟胜溪村(今北厍大胜)大地主柳兆薰家敲诈。枪船中“有青老大、王老大、刘老大，皆巢匪之猛鸷”，持械威逼。柳氏一面百般周旋，一面派人迅速赶到芦墟保卫局报告。太平军的陈公派王帅及士兵数人赶到胜溪村，用陈公“令”，传董老标及其船只到芦局处理。陈公“严谕老标不得滋事”，并处罚金。七月间，苏州太平军派荡公到芦墟安民。荡公设计捕获董老标手下数人。七月十六日(天历七月十一日，公历8月21日)在现芦墟镇西中街平安弄地方正法1人。迫使这类人的活动有所收敛。
四、太平军的关卡
出于军事和收税的需要，太平军先后在芦墟南栅、北栅、三官堂(今北厍)、分湖西口尤家港、三白荡北口杨坟头，以及元荡、淀山湖之间的天缺口等水路要道，都建造了营垒，设置了关卡，派兵驻守，检查过往船只，对过往商船征税，并给税收凭证。
太平天国宿卫天军主将谭绍光曾签发“芦墟关卡票”。原件现存南京博物馆(谭绍光后晋封为慕王，是苏福省最高官员)。
五、对英国侵略者的斗争
太平军除米业外，允许内地与上海通商，当然不允许逃税。清咸丰十一年五月上旬(天历辛酉十一年五月初)，欧洲人的几艘武装商船，从盛泽等地收购到满船茧丝后路过芦墟去上海。其中两家公司的船只纳税后，芦墟南栅关卡放行。但亚当逊公司的船只拒绝纳税，被关卡扣留并拘押2名船员。在上海的英国海军舰长丢乐德率领“弗莱门号”军舰赶到芦墟，向守卡太平军开火，并抓去8人。太平军奋力抵抗。后来双方谈判，答应各自放人。但英军硬说商船上“遗失小武器数件”，要太平军赔偿800银元。后来翻译说要增加到1300元。此事尚未了结，太平军又捉拿私自贩运大米的英国商船，不准大米出境。以上事件，英国人呤唎记在当时写的文章中，胜溪大地主柳兆薰在其日记中有相同的记载。
六、与清军的对峙
从清朝咸丰十年八月十一日至同治二年二月二十八日(天历庚申十年八月十六日至癸开十三年三月三日，公元1860年9月25日至1863年4月15日)，太平军占领芦墟的两年半时间里，头领先后有钟良玉、陈某、沈庭高、龚某、荡某、李某等；平时驻有二三十人；主要是驻守关卡，控制保卫局，维护社会秩序，管理乡官局，征粮、收税等。咸丰十一年四月二十二日，镇上驻军多达三四百人。大户人家让出厢房，各家出借卧具，供太平军住宿。太平军纪律严明，驻扎3天，没有发生任何骚扰事件。
太平军将讨伐小股地主团练、土匪枪船，或拔除清军的据点的战斗，称之为“打先锋”。咸丰十一年(1861年)八月，“金泽设立官兵局”，苏家港地主陆雪亭、陆立人等“董其事”。十月，“金泽官兵依然骚扰，家家抱怨无穷”。十二月下旬，“芦川(即芦墟)姚天燕名下(太平军)”，去金泽“大打先锋”。
芦墟处在太平天国苏福省东南部边境地带。清军不时向太平军防地反扑。为了抵御清军，更是忠王李秀成率军第二次进攻上海外围的需要，同治元年四月二十二(天历壬戌十二年四月八日，1862年5月20日)，芦墟太平军又增至数百人。五月十二日前后，正值第二次攻克青浦前夕，芦墟、金泽、章练塘之间太平军有近万人。五月四日至六日，太平军组织芦墟各村每户摊派1人到槐字港(今水泥厂到第二中学一线)修筑土城营垒3天。四月二十九日，芦墟乡官局中几位老年人，去苏州忠王府，请求不要在芦墟扎营、打仗。由于战局的变化，这里没有大战。
七、太平军退出芦墟
同治元年六月(天历壬戌十二年五六月间)，苏南地区太平军陆续回救天京(南京)，以上海为大本营的江南清军和英法侵略军趁机反攻。闰八月初六(天历八月十八日，公元1862年9月29日)，李鸿章的淮扬水师副将王东华、参将张元龙从淀山湖方向突然奔袭芦墟及周围的太平军营垒，一直攻到分湖西口尤家庄关卡后才退回去。清兵“抢船、大肆骚扰。镇上大受厥累”。
同年十月二十七日(12月18日)，清军江南提督黄翼升带领水师再次攻陷太平军芦墟南栅、分湖、三官塘关卡，太平军撤退，清军“追至沿田港，捉鸡、撑船而还”。
从此，芦墟太平军人数减少，处境困难，“赵田以东已归官兵地界”。同治二年二月二十七日、二十八日(天历癸开十二年三月二日、三日，公元1863年4月14日、15日)，太平军与清军反复争夺芦墟，“互有胜败”，最终太平军撤退至黎里、平望。乡官局、保卫局中的地方人士亦不知去向。李鸿章以《水师芦墟胜仗折》上报清廷。
八、英国人呤唎的记述
英国人呤唎是《太平天国革命亲历记》的作者，他曾于天历庚申十年十一月上旬(1860年11月初)和天历癸开十三年八九月间(1863年10月)，两度到过芦墟。第一次，他写道，“翌晨，我们驶到太平军防地。这里有木栅围绕着的几幢房屋和一小队兵士守护着的一座炮台。太平军跟我们交谈的愉快态度，给我的印象很深。他们不像清兵那样耀武扬威，用傲慢粗暴的态度来进行搜查，而只是派一只小船载着一名官长到我们的船上来。他在进行检查的时候举止有礼，态度和蔼。这个官长知道我们的意向后，就发给我们一张凭照，然后离开了我们……(芦墟)是一个大村庄，离上海有六十英里的水路。此处有各色大宗贸易。运丝船、乡下船和上海船都停泊在村外，为数很多，全都满载货物，似乎这里是一个很好的现成市场。人们穿着很好的衣服，商店充塞着货品，处处都显出兴旺景象……村外，很多劳动者正在收割丰富的谷物，田野生气盎然。”后来终于发现一座被捣毁的庙宇和茅草丛中菩萨像的残肢断颈。他写道，“我开始觉得太平军的这种所谓‘杀人放火'，并不是像某些人所宣传的那么可怕”。
呤唎第二次到芦墟，看到的是另一幅景象：“清军刚刚在外国人帮助下重新占领芦墟”，“人民流离失所，贫苦无告，在许多大村庄中，每户几乎只剩1人。唯独谷物丰盛，这是太平军所耕种的，而清军却不劳而获。厘卡(宁可说是勒索卡)遍地设立。可怜的中国商人如堕迷雾之中，不知究竟对谁应纳税而对谁又不应纳税。”“当年这里是一个贸易繁盛之地，现在却只能见到几只水上劫掠的炮艇，载着一些凶恶的水手，挂着清王朝的旗帜。”“遍地都笼罩着阴森死沉的气氛”，他“所见到的唯一改变就是一座新的佛寺正在往日的废墟上动工建筑”(指泗洲寺的大雄宝殿)。
注：主要资料来源：《太平天国史料专辑》、《柳兆薰日记》、《太平天国革命亲历记》、《太平天国在苏州》以及其他方志。
第三节 民国时期的兵事
一、股匪两次抢劫芦墟镇
民国元年(1912年)12月24日，匪首毛子龙带领一伙武装匪徒，白天抢劫芦墟镇商界。团防队队长刘乙斋闻讯，组织团丁分路出击、拦截，打死匪徒12人，迫使其逃跑，并追还大部分财物。
民国18年(1929年)12月24日午后2时许，200余名武装土匪，分乘20多条快船到芦墟镇。匪徒胸前斜束红布一条作为标志，分三路直扑保卫团，开枪击毙团丁3名，商民1人，保卫团副团长谢仲初受伤，团长谭凯臣不知去向，被劫去保卫团枪械30多支。保卫团警察局兵丁当即逃散。土匪洗劫店铺数十家，打伤平民6人，掳去男女肉票9人，劫掠大量财物。天黑时匪船入分湖他去。这是民国以来，芦墟镇第二次浩劫。
二、北伐军到芦墟
民国16年(1927年)3月7日，北伐军工兵数人，拉装军用电话到芦墟。9日，缉私队统领、曾在吴江起兵讨伐袁世凯的何嘉禄，在芦墟就任国民革命军第16师师长；司令部设在南栅城隍庙。接着，北伐军第21师63团前锋到达芦墟，驻泗洲寺。芦墟正式为北伐军占领。10日，63团各连接踵到达。15日，何嘉禄调至平湖。另有先遣司令部第1团第1营各连、山炮特务营各连到芦墟。先遣司令李明扬亦于17日到达，住乡公所。当时，城隍庙、泗洲寺、天主堂、乡公所、米业公所各处，北伐军驻扎殆满，尚有多数在船上。登云桥内外，兵船相接，旗帜飞扬。18日晚间，纷纷出发。自半夜至19日，过兵络绎不绝。19日上午北伐军在周庄张矢鱼荡向军阀部队攻击并获胜。下午有伤兵到芦墟。20日有俘虏到达。
三、保卫队与自卫队火并
民国36年(1947年)1月31日中午(农历年初十)，草里庄稼圩庙会队伍行进到洋沙坑韩棚港时，据说“维持秩序”的县保安队士兵王友卿和分溪乡自卫队教练史宝仁发生冲撞。争吵之中，保安队和自卫队互相开枪射击。结果保安队的王友卿和萧国富“均于下部腿胯之间受伤”，“因伤势太重，命在旦夕”。冲突枪响，民众恐慌，庙会队伍混乱，百姓受害。
第四节 解放军分湖剿匪
1950年4月，土匪绑架了分湖西岸某村一富裕人家的小男孩。吴江县公安局通过敌情人员，和匪徒约定“赎票”的条件、时间、地点和信号。
公安局指派8位干部、战士，分乘前后两条船去分湖里“赴会”。当第一条船与绑匪的小船相遇时，指挥员陈全贵首先开枪。匪徒也立即开枪还击，坐在船头的小男孩的祖母当即倒下。对射一阵后，匪徒跳水逃跑。剿匪战士在风浪里寻找、追击。直到黎明时，才在今分湖公园附近的一块大石头后面抓到左臂中弹的绑匪。后在分湖里一艘大船上找到安然无恙的小男孩。大船上的2名匪徒已逃跑，而当天就被抓获。