佛教在芦墟的影响深远，道教的受众面要少。史载佛、道两家为争信徒下，屡有争斗，各不相让。然而泗洲禅寺的东侧有神仙堂，供奉道教全真派五祖之一的吕洞宾(吕纯阳)神像；还有茅山堂，居住着道教正一派的俗家道士。佛门胜地竟让道教同居一院同受香火，平时佛殿冷冷清清，神仙堂却香客不断。个中原委确实令人费解。
大多数香客观念中，佛教、道教不分，佛寺与祭祀古人的烈祠也差不多，原本不属佛教、道教的刘王庙、五圣堂之类，也统统的作菩萨建庙敬奉。实际上，旧时地方当局对“野庙淫祠”是否定的。清光绪年间的《垂虹识小录》卷五记载：苏州巡抚汤斌、裕谦曾先后禁毁五通神像，“淫祀遂绝”，甚得人心。但后来“此风复炽。乡里奸巫往往托为妖言，以惑众。有庄家圩神者，在三白荡”，“神不知为谁何”，“此淫祀之继五通而滋萌者！”
西方的基督教、天主教传入芦墟近100多年。宗教活动，断断续续，发展不多。
第一节 佛教
佛教传入分湖地区始于唐代。唐景龙二年(708年)始建泗洲禅寺。据《湖隐外史》记载，唐、宋朝曾在西寺湾建泗洲西寺。西寺湾即今分湖公园所在。明代在此建陶冶禅院。元、明、清三朝，附近农村相继建有南陆庵、太平庵、小基庵、报恩庵、遇仙庵等佛教寺庙。泗洲寺在周围佛教界享有威望。明朝初年，吴江县东部地区的钱坟、德庆、流庆、南询、善聚、法华、圆通等寺庙亦归属泗洲寺门下。
自古以来，“名僧迭居”泗洲寺，也有云游而来的僧人驻锡附近庵庙，诵经修身悟性外，研习诗文书画，其中不乏颇有造诣者。史料留名者，南宋有法行、清杲，元朝有文玖，明朝有琤瑄、行璇、道珩、慧鉴等僧。琤瑄的诗词获得户部尚书夏原吉的赞许。明《吴江志》收录僧人易恒的《泗洲寺二首》，内中有“欲觅泗洲老，高风讵可攀”之句。清代中前期的高僧有雪径(分湖人)、德亮(有《雪庆诗集》传世)、龚志音(东朱家港人，创遇仙庵)等。
旧时芦墟文人士绅或涉足佛学，或带发(居家)修行，多颇有造诣者。明代万历朝的兵部司马袁黄罢官后在北赵田建私家磐石庵，诵经述著。现在研究袁黄佛教学说的机构分布于大陆、香港、台湾和东南亚。僧人真可，号达观，世称紫柏真人，“与袁司马黄为心宗密友”，在袁黄家研读藏书三年，后游历南北名刹，勘刻《方册大藏经》，成为明末佛教界四大师之一。明天启进士叶绍袁，号天寥道人，明亡削发为僧，又写出《甲行日注》、《湖隐外史》。清代芦墟人吴鲲从郭麐学诗“竟成名家”，50岁皈依佛门，僧名“天寥”。
民国14年(1925年)1月，芦墟人陈寅生、陈庚生、黄鸣鸾、唐敬尧、钱芸芳、陆荣光等20余人成立佛学会；并由黄子贞、许康侯延请西塘郁慎廉居士到泗州寺演讲佛学。民国36年南社诗人沈颖若应“中国佛学会江苏省分会青浦县支会”邀请赴金泽讲经。
晚清、民国时期，泗洲寺住持悟明，有僧人香伙四五十人。分住“菊隐山房”、“松竹山房”、“远尘山房”。僧人内分两类：从小剃度受戒者称“禅门”，“半途出家”者称“和行”。后来三房简称为东南房、西南房、西北房三个支系，拥有各自的“香脚”范围。其中东南房号称有近万受众。大体上，泗洲寺僧人举办佛事、送“经疏子”(写该户已故祖宗姓名的一叠黄纸)的范围是：北起周庄，西至北厍玩字村，东到金泽、尖田，南达浙江西塘镇。解放前后的住持是悟明的徒弟广缘。
据民国36年(1947年)寺院调查，在芦墟范围有寺院13座、僧房116间，僧尼41人，其中泗洲寺26人，华中报恩庵尼姑9人。
由于当时社会风气，佛事、道场时有所闻。每逢朔望之期，四乡善男信女虔诚进香顶礼膜拜。不少人遇灾或有病，便到庙堂求签拜佛。泗洲寺更有农历四月十四的“轧神仙”庙会，佛教、道教和迷信活动掺混不清。
解放后，在广泛宣传反对迷信运动中，求神拜佛现象大为减少。泗洲寺由粮管所使用。乡村历来有占用庵庙办学堂的习惯，50年代农村普遍开办小学，“庙堂小学”甚多。许多僧尼还俗参加生产劳动。佛教活动渐次停止。
改革开放以来，佛教信徒的活动渐多。为切实贯彻宗教政策，芦墟镇选定草里村南室圩庄稼圩庙西建立佛教活动场所，1998年10月12日，举行“大雄宝殿”奠基仪式，苏州市、吴江市宗教局和市镇领导出席并讲话，苏州西园寺、寒山寺、灵岩山寺的法师到场弘法。1999年秋大雄宝殿落成，此后逢年过节，去庄家圩烧香者甚多。
第二节 道教
芦墟地区道教影响也较广泛。主要道院有五六处：老城隍庙、新城隍庙及西邻的东岳庙，分湖滩的陶冶禅院于清朝道光年间重建后，亦改为供奉道教的天官、地官、水官神像，改称“三官堂”。在近代，泗洲寺东侧的茅山堂名声最响，为周龙海祖辈传教经忏之地。周氏和他的道徒属正一派的俗家道士。民国时期一年一度农历二月香汛之期，四乡信士群集茅山堂，由周龙海和儿子周荣生主持，用香船载运百余香客，向大茅山进香。进香前后，香客斋戒沐浴，合家净素。归来时，常带些茅山灯、神符、金饭箩(竹器)及笙、笛、喇叭等，祈求压邪镇妖，家宅平安。
另外，每年七月初五、十五、廿五为三元节，长明三官灯，信教之人皆吃三官素，并由斋主轮值。本地三官会黄玉书、王荫乔、夏应祥、唐仰如、沈咏裳等均出银币做斋主。是日厅堂正中供奉天官、地官、水三官神轴，由周荣生诵三官经(“文化大革命”期间神轴烧毁)。
平日里俗家道士为丧事人家“做道场”：摇铃奏乐，诵念经文，画符斩妖，及接眚神等。
解放后的50年代，道教信仰者减少，原本不多的道士也逐渐改行，道教活动消失。
第三节 天主教
清朝光绪二十年(1894年)，天主教传入芦墟。至光绪三十年，教徒发展到百余人。民国9年(1920年)在牛舌头湾南端建造教堂，门面是清水砖砌成的五个拱形门，往上，尖顶中部用水泥堆塑十字架，内部建筑5间。堂号圣母会天主之母芦墟分堂。教堂神父姓冯，每逢星期六瞻礼日，教友集合堂内，一起诵经瞻礼。此日，教友忌食猪肉，所以俗语说：“瞻礼六，吃鱼勿吃肉。”
芦墟天主教教徒，80%以上是渔民。地处分湖、元荡之滨水网区域，渔船多，往来频繁，教徒有增无减。因为多数人不识字，要了解熟悉《早夜课》、《圣经》只能口传默记。凡逢神父来支堂主持弥撒活动，教友称“望弥撒”；神父举行弥撒前，教友逐个向神父“打扦”(屈右腿行礼)。然后，教友便跪在毛玻璃屏风前忏悔，神父在屏后倾听，名为“备惩功”。
芦墟天主教属黎里本堂教区。教堂神父3～4年轮换。解放后，每月仍举行一次弥撒，由黎里总堂通知芦墟支会择期举行。直至1966年“文化大革命”初，祭台跪凳、惩功架被毁，天主堂成了渔业大队钮扣厂厂房。
80年代芦墟天主教会有150余人，诸根荣、钱小弟为正副会长。逢弥撒便集合去黎里天主堂活动。1983年，经黎里天主教总堂推荐，芦墟信徒陆计玲(女)去苏州神学院修女班就学。
90年代信徒有200余人，绝大多数是扒蚬子渔民。章石旺担任组长，他是吴江市天主教爱国运动委员会委员。每年的4月15日、6月15日、8月15日和12月25日去黎里天主堂、苏州三元天主堂参加聚会，5月1日去松江佘山天主堂参加弥撒聚会。
第四节 基督教
中华基督教会在光绪二十六年(1900年)后的几年中，即20世纪初即传入芦墟。耶稣教堂原设在铜匠湾，抗日战争前夕迁至河西同仁典当隔壁。镇人潘子贞夫妇熟读《马加福音》，每逢礼拜，上街摇铃招呼信仰者。当时教友不多，听讲圣经的大部分是少年学生。到场参加活动的都能得到一份食品。民国26年(1937年)秋，抗日战争爆发，该教人员流散，活动停止。
抗日战争前期，芦墟是游击区，流动人口多。上海基督教聚会处(即小群派)传入芦墟。抗战胜利后的第二年，镇人朱荣道联络10余名小群派信徒，在东南街“陆厅”设立基督教聚会点，自行播教、做礼拜、唱赞美诗；亦曾延请嘉善干窑人魏敬道来芦墟宣讲耶稣圣经，慕道去听讲的有几十人。至1949年底，正式接受洗礼入会的有10多人；1950年9月受洗者8人；1952～1953年又发展6人。据1955年底统计，共有信徒68人，其中多数是慕道者；市镇人占半数，港南浜、华中、云田岸、北芦墟、沈西村等农民也有；牧师朱荣道、执事杨服音。在当时接连不断的政治运动影响下，基督教活动困难，1958年又实施“无宗教县”政策，芦墟基督教聚会消失。
1980年吴江县逐步落实党的宗教政策。1981年4月，朱荣道发起恢复基督教活动。后来在建材路12号弄里建教堂，名为基督教芦墟聚会点。因教友人数渐多，1993年由教友们捐款集资建新教堂，地点在东栅港南金属制品厂西侧的司浜37号弄内(去东沿头村的路西)；建房7间，其中2间是楼房。至2000年教友已达300多人，以退休、离岗人员为主。90年代后期，原冷冻厂的王奇生任聚会点组长。每星期三下午聚会“查圣经”，即学习或朗读《新约全书》；每星期五下午祷告会，星期日下午做礼拜，到场者最多。有传教士布道，有从青浦、盛泽等地教会来人演讲。芦墟基督教聚会点接受吴江市三自爱国运动委员会领导，芦墟聚会点的副组长沈全珍(女)是该委员会委员。
第五节 其他
土生土长的“道会门”也有一些。民国23年(1934年)2月，据说始创于明末的中华理教会在北袁家浜底设立支会，名永善堂(今在理堂地名由此得名)，又称劝戒烟酒公所，有30多人参加。3年后有90多人，办事人员有石景山、朱云峰、徐兆祯。发起人之一的张富生，后当上该堂“承办”，1950年称“主任”。1953年1月被列为“反动道会门组织”而取缔。芦墟同时取缔的一贯道，10多人，成员有坛主、天才、地才、点传师、办事员等。还取缔了龙华会，也是10多人，分别称领盘子、副盘子、盘子、道徒、办事员等。吴江县人民政府《关于取缔一贯道、后天通等反动组织的布告》说：“这些组织在其反动首领的操纵下，大肆制造，散布谣言，诈骗钱财，奸污妇女，伤害人民，骚乱暴动，严重影响社会治安。”
邪教法轮功在芦墟曾有6名练功者。1999年7月22日下午，中央公布取缔决定后，街道办事处和派出所立即查封其活动场所，6名练功者接受劝告教育后散去。